Στις 26 Απριλίου 1860 πέθανε στην Αθήνα σε πλήρη ένδεια ο Θεόκλητος Φαρμακίδης κατά κόσμον Θεοχάρης Φαρμακίδης. Υπήρξε λόγιος, κληρικός, θεολόγος, διδάσκαλος του Γένους, κορυφαίος Νεοέλληνας διαφωτιστής, αγωνιστής της Ελληνικής Επανάστασης, συγγραφέας, ένας από τους εκδότες του Λογίου Ερμή και πρωτοπόρος δημοσιογράφος.
Γεννήθηκε στο Νεμπεγλέρ (Νίκαια) της Λάρισας στις 25 Ιανουαρίου 1784. Στη γενέτειρά του διδάχτηκε τα πρώτα γράμματα, πιθανότατα από κάποιο ιερωμένο και σε ηλικία 17 χρονών μετά τον θάνατο τον γονέων του, το 1800, αναχώρησε για τη Λάρισα. Εκεί διδάχτηκε στοιχεία αρχαίων ελληνικών και το 1802 χειροτονήθηκε διάκονος οπότε μετασχημάτισε το βαπτιστικό του όνομα Θεοχάρης, σε Θεόκλητος.
Στη συνέχεια φοίτησε στη Μεγάλη του Γένους Σχολή (1804-1806), στη Σχολή των Κυδωνιών και στην Ακαδημία του Ιασίου (1806-1811) στο Βουκουρέστι όπου χειροτονήθηκε πρεσβύτερος, καθώς και στη Βιέννη (1811-1818) συμπληρώνοντας τη φιλολογική του μόρφωση – έμαθε λατινικά, γαλλικά και γερμανικά. Γίνεται υπεφημέριος (1811) στο ναό Αγίου Γεωργίου της Βιέννης, θέση που κατείχαν στο παρελθόν ο Νεόφυτος Δούκας και ο Άνθιμος Γαζής. Αρχίζει τη μετάφραση από τα λατινικά της τετράτομης εγκυκλοπαίδειας του Φ. Γιάκομπς, έργο που εκδοθεί στην Κέρκυρα το 1928. Από το 1816 έως το 1818 συνέχισε την έκδοση του περιοδικού Λόγιος Ερμής. Το 1817 υποβάλει παραίτηση από τη θέση του υπεφημερίου του Αγίου Γεωργίου, εξαιτίας του πολέμου που υφίσταται από τα μέλη της ελληνικής κοινότητας της Βιέννης για τα γραφόμενα του «Λόγιου Ερμή». Υπήρξε μέλος της Φιλικής Εταιρείας, ενώ ο φιλέλληνας λόρδος Γκίλφορντ του κάλυψε τις δαπάνες των σπουδών του στο Πανεπιστήμιο του Γκέτινγκεν (Γοττίγκη) στη Γερμανία το 1819.
Μετά την έναρξη της Επανάστασης ήρθε στην Ελλάδα και τον Αύγουστο του 1821 στην Καλα¬μάτα εξέδωσε, με την υποστήριξη του Δημητρίου Υψηλάντη, την πρώτη ελληνική εφημερίδα που κυκλοφόρησε σε ελλαδικό έδαφος. Ήταν χειρόγραφη και έφερε τον τίτλο Ελληνική Σάλπιγξ. Εκδόθηκαν μόνο τρία φύλλα της εφημερίδας, επειδή ο Φαρμακίδης αρνήθηκε να υποταχθεί στις επιταγές της λογοκρισίας που είχε επιβάλει η επαναστατική κυβέρνηση.
Έλαβε μέρος στις δύο πρώτες εθνοσυνε¬λεύσεις, διορίστηκε μέλος του Αρείου Πάγου Ανατολικής Ελλάδος, έφορος της Παιδείας και της Ηθικής Ανατροφής των Παίδων και δίδαξε το διάστημα 1823-1825 στην Ιόνιο Ακαδημία.
Το 1825 διορίστηκε από την κυβέρνηση αρχισυ¬ντάκτης της Γενικής Εφημερίδος της Ελλάδος, επίσημης εφημερίδας της ελληνικής διοίκησης στο Ναύπλιο. Ο Φαρμακίδης θα επιβάλει φιλελεύθερη γραμμή στα πρότυπα των παραδόσεων του Διαφωτισμού, γεγονός που θα προκαλέσει τη σύγκρουσή του με τους πολίτικους (Σπ. Τρικούπης), γι’ αυτό και θα αντικατασταθεί.
Όντας υποστηρικτής του Αγγλικού Κόμματος του Μαυροκορδάτου, διαφώνησε εξαρχής με τον κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια, τον οποίο θεωρούσε όργανο της ρωσικής πολιτικής. Η κυ¬βερνητική λογοκρισία ανακάλυψε επιστολή του με επικριτικό περιεχόμενο για το πρόσωπο του κυβερνήτη και γι’ αυτόν το λόγο δικάστηκε και φυλακίστηκε. Το 1832 ορίζεται έφορος του κεντρικού σχολείου στην Αίγινα.
Μετά την δολοφονία του Καποδίστρια έγινε σύμβουλος της αυλής του Όθωνα επί εκκλησιαστικών θεμάτων. Από τη θέση αυτή ο Φαρμακίδης πρότεινε στον Μάουρερ το αυτοκέφαλον της Ελληνικής Εκκλησίας και την ανεξαρτησία της από το Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως, το οποίο τελικώς επιβλήθηκε με το Διάταγμα της 23ης Ιουλίου/4ης Αυγούστου 1833. Η φιλελεύθερη αυτή θέση του πήγαζε από την πεποίθηση πως σκοπός της επανάστασης ήταν η αποτίναξη της οθωμανικής τυραννίας και επομένως η πατριαρχική εξουσία θα εγκυμονούσε κινδύνους επεμβάσεως στα εσωτερικά ζητήματα του νέου κράτους.
Οι συντηρητικοί εκκλησιαστικοί κύκλοι, που ανήκαν στο ρωσικό κόμμα (το οποίο υποστήριζε το ενιαίο εκκλησιαστικό κέντρο, επί τη βάσει των πανσλαβιστικών σχεδίων της Ρωσικής Αυτοκρατορίας) αντέδρασαν εναντίον του ασκώντας του εντονότατη πολεμική για πάνω από δύο δεκαετίες. Επικεφαλής αυτών των κύκλων υπήρξε ο κληρικός Κωνσταντίνος Οικονόμος ο εξ Οικονόμων, έμμισθος σύμβουλος των Ρώσων και κύρια όργανά του η εφημερίδα “Αιών” και το περιοδικό “Ευαγγελική Σάλπιγξ”.
Το 1833 διορίστηκε γραμματέας της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας του βασιλείου της Ελλάδας (όπως ονομαζόταν τότε η Εκκλησία της Ελλάδας) και το 1837 του δόθηκε η θέση του τακτικού καθηγητή θεολογίας στο Πανεπιστήμιο Αθηνών.
Υπήρξε στενός φίλος του άλλου μεγάλου διαφωτιστή Θεόφιλου Καΐρη. Είχε την άποψη ότι η Αγία Γραφή έπρεπε να μεταγλωττιστεί στην απλοελληνική, ώστε να γίνεται κατανοητή από τα ευρύτερα λαϊκά στρώματα, θέση που είχε ως αποτέλεσμα νέα πολεμική από τους ίδιους συντηρητικούς κύκλους. Κατά τη διάρκεια του Κριμαϊκού πολέμου, φοβούμενος τη ρωσική επεκτατικότητα τον κίνδυνο του πανσλαβισμού, τις γεωπολιτικές βλέψεις και τα μακραίωνα συμφέροντα της Ρωσίας στα Βαλκάνια, υιοθέτησε ουδετερόφιλη στάση.
Το 1839 μετατίθεται στη Φιλοσοφική Σχολή, ενώ συγχρόνως παύεται από τη θέση του γραμματέα της Ιεράς Συνόδου. Το 1840 εκδίδει την «Απολογία» του, έργο με το οποίο υπεραμύνεται των ιδεών και των πράξεών του.
Το 1843 επαναδιορίζεται καθηγητής στη Θεολογική Σχολή στην οποία δίδαξε μέχρι τον θάνατό του, ενώ λίγο αργότερα ο Σπ. Τρικούπης τον ορίζει και πάλι γραμματέα της Ιεράς Συνόδου. Το 1850 το Οικουμενικό Πατριαρχείο παραχωρεί την αυτοκεφαλία στην Εκκλησία της Ελλάδος και ο Φαρμακίδης πρωτοστατεί στη νομοθετική ρύθμιση.
Τέλος, θεωρείται ο τελευταίος εκπρόσωπος της φιλελεύθερης πνευματικής παράδοσης του Αδαμάντιου Κοραή.
Ήταν ιδιαίτερα ταπεινός στο φρόνημα, ώστε και όταν ακόμη του προσφέρθηκε ο «Μεγαλόσταυρος του Σωτήρος» ως αναγνώριση των υπηρεσιών του στο έθνος, ο Φαρμακίδης αρνήθηκε να τον παραλάβει λέγοντας:
«Εάν τι καλόν έπραξα, το εμόν καθήκον εξετέλεσα
Ικανή δε μοι έσεται αμοιβή η συνείδησις, ότι εξεπλήρωσα τούτο».